Als rechtlich und finanziell unabhängiger Träger fungieren hierfür die sogenannten Kirchenstiftungen. In der Regel hat jede Kirchengemeinde, teilweise auch kleinere Filialkirchen, ihre eigene Kirchenstiftung. Davon gibt es derzeit rund 550 im Erzbistum Bamberg.
In den Kirchenstiftungen wird das Vermögen der Gemeinden verwaltet – Kapital, Grundstücke und Gebäude – und sie fungieren auch als Arbeitgeber für Angestellte im Pfarrbüro, im Mesner- und Hausmeisterdienst oder in zugehörigen Kindertagesstätten. Administrative und finanzielle Entscheidungen, die in den Kirchenstiftungen anstehen, werden von der Kirchenverwaltung getroffen, ein Gremium, das aus dem örtlichen Pfarrer und, je nach Größe der Gemeinde, vier bis acht ehrenamtlichen, demokratisch gewählten Mitgliedern besteht. Beschlüsse der Kirchenverwaltung werden nach dem Mehrheitsprinzip gefällt – der Pfarrer kann also durchaus überstimmt werden.
Nicht zu verwechseln mit der Kirchenverwaltung ist der Pfarrgemeinderat – ebenfalls ein ehrenamtliches Gremium in der Kirchengemeinde. Thematisch befasst sich der Pfarrgemeinderat jedoch hauptsächlich mit der Gestaltung des religiösen Gemeindelebens, also mit Fragen aus den Bereichen Liturgie, Caritas, Festivitäten, Öffentlichkeitsarbeit und so weiter. Ein enger Austausch zwischen Pfarrgemeinderat und Kirchenverwaltung ist die Grundlage zur erfolgreichen Zusammenarbeit der beiden Gremien.